В секретной лаборатории для уничтожения человечества создаётся покемон Мьюту. Узнав о своей миссии, он восстаёт против создателей.

Коко растет в джунглях под опекой отшельника Заруда. Он знакомится с Сатоси и Пикачу и узнает о мире людей, а также об опасности, которая грозит его дому.

Город Фуура ежегодно принимает у себя фестиваль ветров. На празднике Сатоси знакомится с пятью разными персонажами: тренером покемонов Лизой, покемоном-вруном Кагати, исследователем Торито, пожилой Хисуи, которая не любит покемонов, и загадочной девочкой Ларго.