Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом

Фильм повествует о пирате, бывшим главным противником Гола Д. Роджера - Шики «Золотым Льве». Он крадёт у Мугивар Нами и просит её вступить в его команду. Остров с загадочными животными. Коварные планы Шики. Что ждёт Мугивар в поисках Нами?