Вторая мировая война. Капитан подводной лодки против своего желания берёт на борт двух западных дипломатов, чтобы переправить их испанским Канарским островам и заключить перемирие. Но во время их транспортировки судно вынуждено вступить в отчаянную схватку с врагами у берегов Малайзии.

Увесистый метеорит падает на Землю и приносит с собой злобного трёхголового дракона - Кинг Гидору. Заодно от спячки пробуждаются Годзилла и Родан, которые начинают топтать японские войска, а также друг друга. Тогда разумная гигантская бабочка Мотра решает убедить парочку не драться между собой, а

Японский адмирал Исороку Ямамото - блестящий тактик и верный подданный императора. У него есть серьёзные опасения по поводу того, чтобы вести Японию к войне с Соединёнными Штатами. Ямамото выступает против нападения на Пёрл-Харбор, но его возражения отклоняют. И он ведёт свои войска в бой.