Действия сериала разворачиваются после событий фильма «Мстители». Агент Фил Колсон возвращается в правоохранительную организацию под названием Щ. И. Т., собрав небольшую команду профессионалов, он начинает работу над новыми делами, которые порой бывают очень странными.

Сериал вращается вокруг миссии Родригес до событий четвертого сезона «Агентов Щ. И. Т.».