Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.

Кен Маркс поступает в новую школу, где в первый же день находит себе врага, который зарабатывает на жизнь выступая в запрещенных полноконтактных боях по каратэ. Школьный дворник Билли Грант решает помочь Кену постоять за себя, обучив его секретным приемчикам.