Существует два мира - мир живых и мир духов. Люди с каждым годом становились все более занятыми, бездушными, перестали верить в духов и утратили способность их видеть. Но испокон веков в человеческом обществе живут люди, способные видеть и слышать духов, вступать с ними в контакт и управлять ими.

Мальчик Эш отправляется со своим первым покемоном Пикачу в путешествие с целью стать величайшим Мастером Покемонов на свете. По пути к нему присоединяются Брок, повернутый на девочках тренер каменных покемонов, и девчонка-сорванец Мисти, тренер водяных покемонов, которой, похоже, приглянулся Эш.

В секретной лаборатории для уничтожения человечества создаётся покемон Мьюту. Узнав о своей миссии, он восстаёт против создателей.

Коко растет в джунглях под опекой отшельника Заруда. Он знакомится с Сатоси и Пикачу и узнает о мире людей, а также об опасности, которая грозит его дому.