Черепашки-ниндзя мешают планам таинственного клана, главой которого является их заклятый враг Шреддер. Неожиданные приключения приведут героев в панцирях в космос, в феодальную Японию и даже в киберпространство.

Эта запутанная история начинается с того момента, когда молодой греческий полубог бросает вызов всем остальным богам, но принимает этот вызов лишь один Посейдон. Ведь он властитель всего мира морского и прекрасно знает, что с ним тягаться бессмысленно.

Черепашки сериала встречаются со своими двойниками из мультсериала 1980-х годов, чтобы вместе одержать победу над двумя Шреддерами.