Итто Огами мёртв. Живо лишь желание отомстить клану Ягю. Понимая это, злой гений Рэцудо отдаёт приказ особому подразделению своего клана - женщинам-ниндзя Акаси-Ягю - убить Огами. В то же время Огами нанимает клан Ава, чтобы убить изменника, который пытается продать сёгунату секрет производства

Жил-был самурай. По приказу обезглавливал тех, кого сёгун назначал виноватыми. А сёгун страдал психическими расстройствами, и как-то раз тёмной ночью подослал к самураю отряд ниндзя. Ниндзи не нашли самурая, но убили его жену. И самурай принял решение отомстить. Он шёл по Японии и вёз в коляске

В Японию 1990-х годов прибывают люди из далёкого будущего и заявляют, что если Годзилла не будет уничтожен, то вскоре он станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Для устранения такой угрозы они предлагают вернуться в прошлое и ликвидировать Годзиллу до его мутации в непобедимого динозавра.

Планета Земля решает отомстить людям за неправильное отношение к природе и насылает на них злобного монстра Баттру. Единственное спасение от него - гигантская бабочка Мотра, но она давно спит, и её нужно разбудить. К тому же есть ещё и Годзилла, и никто не знает, чью сторону он примет в этой битве.