Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме.