Черепашки-ниндзя мешают планам таинственного клана, главой которого является их заклятый враг Шреддер. Неожиданные приключения приведут героев в панцирях в космос, в феодальную Японию и даже в киберпространство.

Черепашки сериала встречаются со своими двойниками из мультсериала 1980-х годов, чтобы вместе одержать победу над двумя Шреддерами.