Действие картины начинается в конце Второй мировой войны. Преподаватель военной академии Утидо уходит в отставку и живет с женой в скромном домишке какого-то разрушенного имения, где его постоянно навещают преданные ученики - помогают ему, справляют каждый год день его рождения, организуют поиски

Маленькая любопытная рыбка Поньо - дочь колдуна и прекрасной морской богини - уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг к другу, и теперь у Поньо только одно желание -