В центре сюжета первого сезона сериала «Институт» — зловещее бетонное здание, спрятанное глубоко в лесах штата Мэн. Именно сюда поступают похищенные дети с необычными способностями — к телепатии и телекинезу. Среди них — 12-летний Люк Эллис, чьи родители были убиты посреди ночи, а сам мальчик внезапно очнулся в комнате, поразительно похожей на его собственную, но находящейся уже внутри загадочного учреждения.
В «Институте» Люк знакомится с другими подростками, которых также забрали из их домов: Калишей Бенсон, Ником Уилхолмом, Джорджем Айлсом, Айрис Стэнхоуп, Хелен Симмс, а позже — и с младшей девочкой по имени Эйвери Диксон. Все они содержатся в секторе под названием Фронт-Хаф и проходят жестокие эксперименты, проводимые под контролем харизматичной, но беспощадной директрисы миссис Сигсби и её команды.
Сотрудники Института уверены в своей миссии и считают эксперименты над детьми оправданными во имя науки и безопасности. Они пытаются усилить врождённые способности детей, а также пробуждать телекинез у телепатов и телепатию у телекинетиков, используя жесткие методы. После определённой стадии исследований подростков перемещают в так называемую «Заднюю половину», откуда никто никогда не возвращается.
С развитием событий у Люка начинают проявляться слабые телепатические способности, которые он старается скрыть, понимая, что это сделает его следующей мишенью. Ходят слухи, что в Институте распространяется особый штамм, якобы убивающий детей с усиленными способностями. В этих условиях Люк осознаёт, что нельзя доверять никому — даже экономка Морин Алворсон до определённого момента работает на руководство. Однако именно она неожиданно решает помочь Люку и организует его побег.
Оказавшись на свободе, Люк добирается до небольшого городка Дюпре, где передаёт шерифу флешку с доказательствами — на ней содержится признание Морин и подробные данные об устройстве и методах Института. В местной полиции служит Тим Джеймисон — бывший полицейский из Флориды, переехавший в Южную Каролину и начавший новую жизнь после знакомства с помощником шерифа Венди Галликсон.
Люку удаётся убедить Тима, Венди и других полицейских в правдивости своего рассказа. Правоохранители начинают расследование и узнают шокирующую правду: таинственный Институт в лесах — лишь одно из множества подобных учреждений по всему миру. Более того, во всех этих местах почти одновременно вспыхнули восстания, которые, по всей видимости, были телепатически скоординированы между детьми.
